光绪十六年(1890年)春，康有为举家迁往广州。由于他在光绪十四年(1888年)冬，以布衣身份进京上书变法，名气已经很大，青年学子纷至沓来，向其请益。次年，康有为便租赁长兴里邱氏书院，正式开办学舍，创建万木草堂。
万木草堂书院为三间三进、两天井、硬山顶的青砖祠堂式建筑，面积663平方米。万木草堂创办之初，康有为就主张“脱前人之窠臼，开独得之新理”。草堂的命名，就寓有培植万木、为国家培养栋梁之才之意。
光绪十七年（1891年）3月，康有为撰写了《长兴学记》作为万木草堂学规，以《论语》“志于道，据于德，依于仁，游于艺”为纲，对学生施以德、智、体教育。在德育方面，康有为提倡厉节、慎独、主静、养心、检摄威仪、敦行孝梯、崇尚任恤、同体饥溺等传统道德修养。在智育方面，当时万木草堂开设四种课程：义理之学、经世之学、考据之学和词章之学。这些课程，虽然还是以传统的学术为主干，但与当时专学八股、帖括词章的传统学堂还是有很大的不同。康有为每天在讲堂一讲就是四五个小时，在传授给学生们文化知识的同时，启发学生们同自己一道探求救国之法，把求知和救国救民、改造社会紧密地联系起来，寻找解决现实问题的方法。
万木草堂的体制完全为康有为自创。康任学堂的总教授，从学生中选出三人或六人为学长，协助康管理学生的学习和生活，而且还管理图书馆和学校的财产。万木草堂有较完备的设备。学生的饮食起居和学习用具皆有妥善安排，还有藏书较丰富的图书阅览室。
从创办到光绪二十四年（1898年）戊戌政变前的六年内，康有为在万木草堂培育学生近千人，地域遍及上海、北京、广东、广西等各省市，可谓桃李遍天下。万木草堂为康有为宣传变法思想和培养变法人材提供了场所。在弟子们的帮助下，编著《新学伪经考》和《孔子改制考》，宣传今文经说，鼓吹变法。后来梁启超在湖南主讲时务学堂时，基本上因袭了万木草堂的办学精神。
随着戊戌变法的失败，康有为逃亡日本，万木草堂于光绪二十四年（1898年）9月被清政府查封停办。
康有为的学生中比较出名的有梁启超、陈千秋、梁朝杰、曹泰等人。这些人后来大都成为维新变法运动的骨干，不仅对近代中国的政治产生了极大的影响，而且对近代中国的文化、教育、学术的发展产生了巨大的推进作用。张元济写诗称誉道：“南洲讲学新开派，万木森森一草堂。谁识书生能报国，晚清人物数康梁。”
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