台北故宫博物院前院长周功鑫2008年上任伊始，便推动和主持台北故宫的第三次文物清点工作，该工作耗时近四年，于去年4月完成。但是，至今已经过去七个月，故宫博物院却没有将清点报告公布于众。此次台北故宫盘点，传出有5件文物丢失，分别是“清铜镀金内填珐琅琵琶式怀表”的钥匙一柄、“青玉八卦水丞”的铜小匙、“青玉刻花炉”的3片残片、“仿古玉圆璧”的残片以及“三镶玉如意”3小嵌片。由于丢失物品都属小件，而且联想到故宫长时间未公布文物清点结果，外界便有传闻，认为故宫丢失的5件文物属于监守自盗。
去年7月，主持清点工作的前任院长周功鑫辞职，辞职时并未就文物清点的交代与报告进行交接，现任院长也未公告文物大清点的详细内容。因此，民进党籍“立委”陈亭妃便质疑，认为周功鑫离职之后清点工作一直没有交代清楚，有隐匿之嫌。
对此，台北故宫院长冯明珠3月26日在台北故宫官网上发表公开信，表示对故宫文物“未现”事件引发的社会不安道歉。而对于这种传闻，冯明珠表示故宫绝对没有如外界揣测的监守自盗，“如果我要盗，当然是怀表，怎么会盗钥匙？”对于文物的下落，台北故宫表示，“未现”的文物可能仍在某个箱子里，他们仍在继续寻找。而对于民进党“立委”的质疑，冯明珠将责任推给了当年民进党籍的院长杜正胜身上，她表示从杜正胜时期起，台北故宫实施“改箱为柜”的办法，将文物从原本放置的铁皮箱中拿出放入展示柜，附件很有可能在这个过程中不见或者遗落在箱子中深藏。
台北故宫文物迁台之后共有三次大规模盘点，第一次盘点是在1953年，耗时一年。第二次是1989年，耗时两年。此外每年按季度进行例行性抽点，由院长主持。冯明珠表示，这5件文物缺损的“发生时间”推估在2001至2008年之间，“杜正胜、石守谦、林曼丽等前院长通通知情”。
此外，故宫还表示通过盘点多出了不少东西，包括12件器物附件以及133件文献类文物。新增的器物附件包括玉顶、珊瑚勺、铜胆等物品，而新增的文献类文物则是检阅数十万清宫奏折之后，发现附着在档案之后的不易被察觉的独立件。
对于此次事件的责任，冯明珠表示将“提报人事评议委员会予以奖惩”。而去年盘点后已上签提报处分，前院长周功鑫因按程序报告，委员会作出不处分决定，而至于已经退休的人员是否追加处分，则需要再研议。而台北检方已经表示将全案交由重大经济犯罪专组检察官侦办，以调查厘清是否有不法情事并追诉相关人的刑责。
目前，台北故宫共有展品69万多件，台北故宫虽然号称有着严格的保管文物机制，却也发生过丢失文物的事件。1989年第二次文物大盘点的时候，就曾丢失了“满文原档”的一幅图册内页以及一包新疆进贡给皇帝的湖盐。而此次故宫发生文物短缺，虽是一个文物的小配件，却迟迟没有上报，并找出原因进行惩处与相关处置，恐怕上自故宫院长、下至相关处室及库房管理单位，都必须接受调查。
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