《办法》规定，国家文物局负责对全国重点文物保护单位进行抽查；对各地开展的文物保护单位执法巡查工作进行督察。
各省、自治区、直辖市文物行政部门、文物执法机构负责对本行政区域内省级以上(含省级)的文物保护单位进行巡查、抽查；对本行政区域内各设区市、县(市、区)文物行政部门、文物执法机构开展的文物保护单位执法巡查工作进行督察。
各设区市的文物行政部门、文物执法机构，每年对每个市级以上(含市级)文物保护单位至少巡查一次；对本行政区域内县级文物保护单位进行抽查；对本行政区域内县(市、区)文物行政部门、文物执法机构开展的文物保护单位执法巡查工作进行督察。
各县(市、区)文物行政部门、文物执法机构负责对本行政区域内各级文物保护单位进行巡查，每年对本行政区域内每处文物保护单位至少巡查一次。
《办法》指出，文物保护单位的管理使用单位(人)或者产权单位(人)应当定期对文物保护单位的保护管理状况开展自查，对发现的问题及时整改，对发现的违法行为及时向所在地文物行政部门、文物执法机构报告。
《办法》规定，文物行政部门、文物执法机构开展文物保护单位执法巡查，应当重点检查以下内容：文物保护单位是否划定保护范围和建设控制地带，是否作出标志说明，是否建立记录档案，是否设置专门机构或者专人负责管理；文物保护单位内及其保护范围、建设控制地带内是否发生违法建设行为；是否发生擅自迁移、拆除文物保护单位或者擅自修缮文物保护单位，明显改变文物原状的违法行为；是否发生擅自在原址重建已全部毁坏的文物保护单位，造成文物破坏的违法行为；是否发生施工单位未取得文物保护工程资质证书，擅自从事文物修缮、迁移、重建的违法行为；是否发生擅自改变国有文物保护单位的用途、转让或者抵押国有文物保护单位或者将国有文物保护单位作为企业资产经营的违法行为；是否发生将非国有文物保护单位转让或者抵押给外国人的违法行为；是否发生考古发掘单位未经批准擅自在文物保护单位内进行考古发掘的违法行为；是否发生未经批准擅自在文物保护单位开展经营性活动的违法行为；以及其他涉及文物保护单位的违法违规行为。
《办法》规定，巡查人员应做好以下工作：如实记录被巡查文物保护单位的名称、类别、级别、地址、管理机构、使用或者所有权人、所有权属，以及巡查时间、巡查人员、发现的情况和采取的相应措施等；对被巡查文物保护单位的外观全景、主要组成部分和重要构件、标志说明、保护范围与建设控制地带状况及发现的违法行为现场等进行摄影、摄像；查阅被巡查文物保护单位的监测措施、维护保养记录、记录档案、依法开展有关工作的审批文件及其他书面材料，必要时应当复制存档。
《办法》规定，巡查、督察工作结束后，文物行政部门、文物执法机构应当及时以书面形式向被检查单位反馈意见。反馈意见应当明确指出存在的问题、违反的相关规定，并提出整改要求。对在巡查、督察中发现的违法行为，对涉嫌构成犯罪的依法移交司法机关。
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